Лечение эндоцервицита обыкновенно проходит в два этапа. Вначале устраняется возбудителя инфекции, с этой целью будет подобран системный антибиотик, к которому чувствителен конкретный возбудитель. После ликвидации инфекции важно восстановить здоровую микрофлору влагалища для снижения вероятности рецидивов. Следует учитывать, что терапия пройдет успешно только если будут устранены все сопутствующие воспалительные гинекологические заболевания.